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在2007年至2012年的五年中，仙湖植物园先后承担国家级、省部级科研项目19项，其它科研项目50余项，出版专著34本，发表科研论文120余篇，已毕业和正在培养的博士、硕士研究生50余名。
仙湖植物园的研究人员共出版专著34本（《深圳植物志》（第2、3卷）、《中国高等植物》（第1-12卷）、《CHENIA, Contribution to Cryptogamic Biology, Vols.10, 11》（隐花植物生物学第10和11卷）、《广东苔藓志》、《澳门苔藓植物志》、《澳门苔藓植物名录》、《植物王国的小矮人---苔藓植物》、《中国木化石》（中文版及英文版）、《深圳野生植物名录》、《深圳园林植物》、《深圳园林植物续集（一）》、《耐荫半耐荫植物》、《深圳园林植物配置与造景》、《深圳植物名录》、《社区公园规划设计与建设管理-以深圳、香港、新加坡为例》、《深圳森林景观生态构建》、《深圳仙湖植物园苏铁类植物的迁地保护》、《景观植物病虫害识别防治手册》、《鸡蛋花-园林观赏和应用》和《蕨类图谱-孢子体和配子体》）；发表学术论文120余篇；获国家林业局颁发新品种授权证书的植物新品种8个（包括苏铁新品种“剑苏铁”、玉兰新品种“红寿星”、“红笑星”、“红金星”、“多瓣天女花”、“红玉玉兰”和“绿星玉兰”等）；获国家发明专利4项；获计算机软件著作权1项；完成广东省地方标准1项和深圳市地方标准3项。
2010年，由仙湖植物园组织实施，与中国科学院植物研究所和中国科学院网络信息中心联合开发的“达尔文树-分子数据分析与应用环境”，软件获得2011年深港科技创新卓越奖。由仙湖植物园、中国科学院植物研究所、中国科学院网络信息中心和美国佛罗里达大学的国际合作项目“重建世界被子植物属级水平系统发育树”，该成果将被子植物APG系统推向了属级水平。由仙湖植物园、中国科学院植物研究所合作进行的“角苔全基因组测序项目”已经完成，进入数据分析和论文撰写阶段。 仙湖植物园部分科研项目获奖情况序号 项目名称 奖项 1 深圳特区古树名木的调查及其保护对策 1998年深圳市科技进步三等奖 2 深圳市园林绿化树种的调查与评估 1999年深圳市科技进步二等奖 3 地被及攀援植物引种栽培研究 2001年度深圳市科技进步二等奖 4 红掌生物技术快速繁殖技术流程 2003年度深圳市科技进步二等奖 5 深圳市园林植物病虫害发生规律及防治方法的研究 2004年深圳市科技进步三等奖 6 深圳城市绿地土壤质量评估及改良对策研究 2005年度深圳市科技进步三等奖 7 苏铁类植物迁地保护和繁育研究及推广应用 2006年广东省科技进步三等奖 8 美人蕉属种质资源及综合开发研究 2006年深圳市科技创新奖 9 轻型屋顶绿化综合技术研究 2008年度深圳市科技创新奖、
2009年度广东省科技进步二等奖 10 中国早期苏铁类植物化石的收集和研究与数据库建设 2009年深圳市科技创新奖 11 达尔文树-分子数据分析与应用环境 2010年深圳市科技创新奖 12 木兰科植物种质创新和利用 2011年度深圳市自然科学奖
2012年度广东省科技进步奖
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